Margrit Scheidegger wächst in Winterthur auf. Schon früh löst Unihockey bei ihr grosse Begeisterung aus und sie ist bis heute ihrem geliebten Sport treu geblieben. 1999 tritt Margrit Scheidegger dem Verein HC Rychenberg bei.

2000 wird der neue Damenverein Red Ants Rychenberg Winterthur gegründet, diesem Verein blieb sie bis zum Schluss ihrer Laufbahn treu, unterbrochen lediglich durch je ein Jahr in Schweden und bei Piranha Chur.

Als Juniorin wird Margrit Scheidegger vor allem durch ihre beiden Trainerinnen Gaby Breitenstein und Ursina Gadient gefördert, unter deren Führung der U21-Mannschaft mit Margrit Scheidegger viele grosse Erfolge gelangen. So wurde das Team zwischen 2005 und 2009 drei Mal Schweizermeister. Mit der U19 Nationalmannschaft gewann sie 2008 sogar die Weltmeisterschaft.

Mit der Aktivmannschaft von Red Ants konnte sie Erfolg an Erfolg reihen. Die Mannschaft gewann drei Mal den Schweizercup und wurde 2011 Schweizermeister.

Margrit Scheidegger hat ab 2010 etwa 100 Einsätze für die A-Nati absolviert und mit ihr an vier Weltmeisterschaften teilgenommen. Dort errang die Mannschaft stets einen Platz auf dem Podest.